样品要求
样品类型:新鲜组织、细胞等
样本总量:RNA不低于10μg
样品质量:无明显降解,浓度不低于200ng/μL
测序策略 PE150bp
数据量 10G/15Gb
案例解析-环状RNA与大脑发育关系研究
随着高通量测序技术的发展,大量环状RNA被鉴定出来,越来越多研究表明环状RNA具有重要的调控功能。本研究第一次系统性的鉴定了哺乳动物脑部的环状RNA表达谱,发现在脑部表达量丰富的环状RNA在物种间是比较保守的,在神经系统分化与发育过程中某些环状RNA表达上调,并且发现在神经突触中某些环状RNA与ADAR1的表达呈负相关关系,表明环状RNA在哺乳动物的神经发育及脑发育过程中有着重要的作用,为进一步深入探索环状RNA的功能奠定了基础。
图一、环状RNA在不同部位表达差异 图二、环状RNA在物种间保守性分析
Agnieszka Rybak-wolf,et al.Cricular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant,Conserved,and Dynamically Expressed.Moelcullar Cell,2015.
案例解析-外泌体中存在环状RNA
外泌体是细胞经过“内吞-融合-外排”等一系列调控过程而形成的细胞外30-100纳米级小囊泡。外泌体通过携带蛋白、运送核酸等在细胞间物质和信息转导中起重要作用。外泌体可能通过调控免疫功能,促进肿瘤血管新生和肿瘤转移,以及直接作用于肿瘤细胞等途径影响肿瘤的进展。目前对外泌体的研究主要集中在外泌体提取、纯化以及内含物分析上。本研究通过环状RNA测序技术,首次在外泌体中鉴定出环状RNA的存在,为后续外泌体与环状RNA关系以及功能研究奠定了基础。
图三、环状RNA稳定且大量的存在于外泌体中,本研究在细胞及外泌体中分别发现5484及6751个环状RNA
图四、血浆外泌体中鉴定出1215个环状RNA,这些环状RNA来源于不同的基因组元件
Yan Li,et al.Cirular RNA is enriched and stable in exosomes: a promising biomarker for cancer diagnosis. Cell Research, 2015.
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